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最早的爬行动物是林蜥Hylonomus，属于爬行动物中最原始的无孔类(出现在两栖动物出现后不久的石炭纪早期)。
仅比林蜥稍晚最初的双孔类的代表油页岩蜥Petrolacosaurus和下孔类的代表蛇齿龙Ophiacodon已经出现，这两类的出现在生物计划史上具有重要的意义，一个是后来统治地球的主干爬行动物以及鸟类的祖先，一个是在爬行动物之后统治地球的哺乳动物的祖先。爬行动物在最初的时期就有了三个完全不同的分支，其是否有共同的祖先尚不明确，而能够作为爬行动物理想祖先的两栖动物也尚未发现。
始鳄目Eosuchia：早期的鳞龙类，是其它双孔类的祖先，也是生存历史最长的爬行动物，在新生代早期尚延续了一段时间，也有人将最早的和最完的类型置于新的目。
喙头目Rhynchocephalia：原始的鳞龙类，绝大多数生存于中生代，仅有楔齿蜥残存到现代，是现存最原始的爬行动物。
楔齿蜥科Sphenodontidae：现存最原始的爬行动物，仅2种，分布于新西兰及附近岛屿。
蜥蜴目Lecertifromes（Sauria）：现代爬行动物种最大的一类，多达4000馀种，分布遍及世界各地，形态多样。
鬣蜥亚目Iguania：典型的成员背上有鬣鳞，略似楔齿蜥，均四肢完整，不少种类可以变换身体的颜色，并包括一些相貌最独特的蜥蜴，主要分布于热带、亚热带地区，树栖、陆栖或水栖。
美洲鬣蜥科Iguanidae：主要分布于新大陆的鬣蜥，种类繁多，最常被分成多达8个不同的科。
鬣蜥科Agamidae：旧大陆的鬣蜥，在亚洲和大洋洲最丰富，非洲和欧洲较少，而马达加斯加岛没有分布。
避役科Chamaeleonidae：即变色龙，最独特的蜥蜴，主要分布于非洲特别是马达加斯加岛，少数分布于亚洲和欧洲南部。
壁虎亚目Gekkota：包括四肢健全的壁虎和四肢退化的鳞脚蜥等，通常眼睛比较大，眼睑不能活动。
壁虎科Gekkonidae：蜥蜴中的第二大科，遍及世界各地，包括一些人们最熟悉的爬行动物，也有人将其拆成几个不同的科。
鳞脚蜥科Pygopodidae：分布限于大洋洲，体型似蛇，无前肢，后肢退化成鳞片状。
夜蜥蜴科Xantusiidae：分类地位不定的蜥蜴，略似壁虎，但也有人将其置于石龙子亚目，分布于美洲。
双足蜥科Dibamidae：所知甚少的分类地位不定的蜥蜴，有人将其置于石龙子亚目或自成一独立的亚目，仅雄性有短的后肢，眼退化，多穴居，分布于东南亚。
石龙子亚目Scincomorpha：蜥蜴中的最大一类，多有典型的蜥蜴体型，但也有些四肢退化。
非洲蜥蜴科Cordylidae：分布于非洲大陆及马达加斯加岛的小科，有些种类有硬的鳞甲，有人将其分成环尾蜥科和板蜥科两个不同的科。
蜥蜴科Lacertian：旧大陆的陆栖蜥蜴类，以地中海地区为分布中心，也见于欧亚大陆和非洲的其它地区，最北到达北极圈附近。
美洲蜥蜴科Teiidae：新大陆的蜥蜴类，多路栖，少数水栖，有人将其进一步划分为美洲蜥蜴科和裸眼蜥科两个科。
石龙子科Scincidae：蜥蜴中的最大一科，包括蜥蜴中约1/3的种类，四肢健全或退化。分布遍及世界各地，但在亚洲南部和大洋洲种类最多，而欧洲，亚洲北部和美洲种类较少。
蛇蜥亚目Anguimorpha：现存种类不多，具有一些与蛇接近的特征，有可能是蛇类的祖先类型，有人将其与石龙子亚目合并，也有人将其进一步划分成两个亚目。蛇蜥亚目包括现存唯一有毒的蜥蜴，现存最大的蜥蜴和生活于海洋中的史前最大的蜥蜴-沧龙。
蛇蜥科Anguidae：包括新大陆的一些有足的蜥蜴和新旧大陆共有的无足蜥蜴，其中有些北美洲的无足蜥蜴有时被单列为蠕蜥科。
异蜥科Xenosauridae：包括北美洲的3种异蜥和我国的鳄蜥，二者也常列为不同的科。
毒蜥科Helodermatidae：包括北美洲的两种毒蜥，现存仅有的有毒蜥蜴。
婆罗蜥科Lanthanotidae：又称拟毒蜥科，仅以婆罗洲的拟毒蜥为代表。
巨蜥科Varanidae：包括现存体型最大的蜥蜴，但也有些小型种类，主要分布于大洋洲，也见于非洲和亚洲热带地区。
蚓蜥目Amphisbaeniformes：穴居的神秘的爬行动物，以前曾并入蜥蜴类，分布于南美洲、非洲以及邻近地区，多数无足，少数有前肢，可分为1~5科，其中1/3的种仅从单一的标本得知。
蚓蜥科Amphisbaenidae：蚓蜥目最大的1科，包括蚓蜥目绝大多数成员，并可见于蚓蜥目的全部分布区，有人将所有蚓蜥并入本科，也有人将其的部分成员单分出1~2科。
短头蚓蜥科Trogonophidae：分布于非洲北部、东北部和中东地区的小科，身体横截面为三角形。
双足蚓蜥科Bipedidae：分布于墨西哥西北部，蚓蜥目唯一保留有小的前肢的成员。
蛇目Serpentiformes：数量仅次于蜥蜴的爬行动物第二大类群，其分布甚至比蜥蜴更广泛，除了各种陆地环境外，还遍及印度-太平洋的温暖海域。
盲蛇亚目Scolecophidia：穴居的小型原始蛇类，分布于世界各温暖地区。
盲蛇科Typhlopidae：盲蛇亚目种类最多、分布最广的一科，主要分布于非洲、亚洲南部和大洋洲，少数分布于中美洲。
异盾盲蛇科Anomalepidae：分布于中南美洲的小科，包括一些体型最小的蛇。
细盲蛇科Leptotyphlopidae：分布于美洲、非洲、阿拉伯和印度，体型比盲蛇纤细，包括一些体型最小的蛇。
原蛇亚目Henophidia：大中型的原始蛇类，多分布于热带地区，集中分布在亚洲南部到大洋洲一带，种类不多，有些类群分类争议较大。
蟒蛇科Boidae：包括现存最大的蛇类，但多数种类没有那样大，有后肢残馀，分为蟒和蚺两大类，分布广泛。
林蚺科Tropidophiidae：分布美洲热带的中型蛇类，以往归入蟒蛇科。
岛蚺科Bolyeridae：仅分布于马斯克林群岛的中型蛇类，以往归入蟒蛇科。
筒蛇科Aniliidae：仅以南美洲的一个种为代表，中型的原始蛇类。
美洲闪鳞蛇科Loxocemidae：仅以中美洲的一个种为代表，可并入筒蛇科。
倭管蛇科Anomochilidae：以东南亚的两个种为代表，有时并入筒蛇科或针尾蛇科。
管蛇科Cylindrophiidae：分布于亚洲热带地区，有时并入筒蛇科或针尾蛇科。
针尾蛇科Uropeltidae：中型的穴居蛇类，分布于印度南部和斯里兰卡。
闪鳞蛇科Xenopeltidae：中型的陆栖蛇类，分布于南亚和东南亚。
瘰鳞蛇科Acrochordidae：分布于东南亚和大洋洲的水生蛇类，皮肤松弛，善于游泳。
新蛇亚目Caenophidia：包括现存的全部毒蛇和大多数无毒蛇
游蛇科Colubridae：爬行动物的最大一科，包括现存2/3的蛇，世界各大洲均有分布，且为除澳洲以外各地的主要蛇类，成员复杂，多数为无毒蛇，部分为后沟牙毒蛇，亚科很多，划分混乱，有时有些成员被列为独立的科。
眼镜蛇科Elapidae：前沟牙的毒蛇，分布广泛，在陆地和海洋均有分布，其中在澳洲是主要蛇类，常被分成眼镜蛇科、海蛇科和扁尾蛇科三个科。
蝰蛇科Viperidae：管牙的毒蛇，分布于澳洲以外的世界各地，常被分蝰蛇科、白头蝰科和蝮蛇科三个科。
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