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生殖：鸟类，卵需要体温孵化，爬行类，不需要自己孵化，大部分的爬行动物是卵生动物，它们的胚胎由羊膜所包覆。然而，某些有鳞目能够直接生下后代，例如卵胎生或胎生的方式。大部分的胎生爬行动物借由不同形式的胎盘给与胎儿养分，类似哺乳类的方式。
呼吸：鸟类双重呼吸。鸟类除具有肺外，并有从肺壁凸出而形成的薄膜气囊。主要的气囊有9个，它们一直伸展到内脏间、肌肉间和骨的空腔中。鸟在休息时，主要靠肋间肌及腹部肌肉的运动，在肺部进行呼吸。当飞翔时，则主要靠胸肌的运动进行呼吸。气体经肺进入气囊后，再从气囊经肺排出，由于气囊的扩大和收缩，气体两次在肺部进行气体交换。这种在吸气和呼气时都能在肺部进行气体交换的呼吸方式，称为双重呼吸。这是鸟类适应飞翔生活的一种特殊呼吸方式。
爬行类一般是单向呼吸，但最近的研究表明，鳄鱼的呼吸方式和鸟类很相似。
视觉：鸟类的脑比爬行动物发达得多，其中大脑、小脑（为运动的协调和平衡中枢）和视叶（鸟类的中脑充满了视神经，构成视叶）都很发达，这是跟飞翔相适应的特点。根据研究，鸟眼的相对大小，在脊椎动物中是占第一位；视觉的敏锐程度，在脊椎动物中也是首屈一指的。
鸟眼有很好的防尘防干“装置”，这就是具有眼睑和瞬膜。瞬膜是一种近于透明的膜，鸟类在飞翔时，可以用瞬膜将眼球遮覆起来。这样，就可以防尘和防干。
鸟眼还有很好的防压“装置”，这就是在巩膜中具有许多称为巩膜骨的骨片。这种骨片对眼球起了很好的“支架”作用，使鸟类在飞翔时，眼球不会因气流的压力而变形。
鸟类的眼球是扁圆形的，适于远视。但是，鸟类的眼内却具有神奇的“双重调节”（一是以睫状肌的收缩来改变水晶体的形状和水晶体与角膜间的距离；二是改变角膜的凸度）的能力。能在一瞬间把“远视眼”调节为“近视眼”。所以，在高空中急冲而下的老鹰，能在片刻间，迅速而准确地抓走猎物。
爬行类，为了能看到远处的东西，爬行动物的眼睛总是固定不动。如果想看到近处的东西，它们就会用眼睛周围的肌肉改变晶状体的形状。晶状体是眼睛中聚光的部位。蛇有特殊的肌肉，能迫使晶状体向前以进一步观看，同调节照相机的焦距一样。爬行动物能分辨颜色，包括一些鳄、蜥蜴和龟。
有些爬行动物长着第三只眼。在一些蜥蜴和斑点楔齿蜥的头中就藏着第三只眼，它能察觉出明暗但辨不出颜色。这种眼可能就像一种曝光表，帮助爬行动物判断在阳光下呆了多长时间。在地下洞穴中的盲蛇，眼睛被鳞覆盖，什么都看不见。
如果你曾经看到过蛇，就可能注意到蛇从来不闭眼睛。事实上，蛇的眼睛永久性地被一个透明鳞片覆盖保护着，这个鳞就是下眼睑。因此，在某种程度上，蛇眼总是闭着而不是睁着。
循环：爬行动物心脏3腔，2个心房一个心室和退化的静脉窦。血液由静脉窦—右心房—心室—肺动脉—肺—肺静脉—左心房（这部分是肺循环）—心室—静脉腔—左右动脉弓—身体各处—静脉窦（体循环）。不完全双循环。
鸟类心脏四腔2心房2心室，与哺乳动物一样，是完全双循环，血液（多氧）由左心室—动脉弓—身体各处（气体交换）—静脉—右心房（体循环，缺氧雪）—右心室—肺动脉—肺脏（气体交换，多氧雪）—肺静脉—左心房（肺循环）—左心室
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