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牡丹的有性繁殖就是播种繁殖。
牡丹种子的千粒重约为150g－180g，所以，播种繁殖的繁殖系数较大，可以在短期内获得大量苗木，根据这个特点，牡丹播种繁殖多用于生产药用牡丹和培养嫁接用的砧木。牡丹单瓣型品种结实力强、籽粒饱满、发芽率高、适应性广、生长势强、变异性小，其中以单瓣型品种“凤丹”最具代表性，所以，在生产药用牡丹和培养嫁接用砧木时，多利用单瓣型品种的种子，特别是“凤丹”用量最大。牡丹半重瓣或重瓣型品种的雄蕊或雌蕊常瓣化或退化，结籽少或不结籽，籽粒瘪，发芽率低，变异性大，所以，半重瓣或重瓣型的种子一般用于新品种选育。无论是单瓣型品种的种子，还是半重瓣、重瓣型品种的种子，播种后3－5年方可开花，但以5年生以上的植株结籽多，籽粒饱满。
1、种子的采收
牡丹的果实为蓇葖果，一个果实一般有3－5个果荚，每一个果荚里含有6－ 10粒种子。
牡丹种子的采收要适时分批采收，不可过早或过晚。过早种子不成熟，质地嫩且含水多，容易霉烂或干瘪；过晚种子变黑、质硬、种皮厚，种子的成熟程度对发芽率影响很大，一般当蓇葖果壳褐**或褐色，种子乳**或红棕色时就要采收。在菏泽和洛阳一带，常于7月下旬(大暑)至8月上旬(立秋)期间采收种子。
2、种子播前处理
蓇葖果采收后，应摊放于阴凉通风的室内，让其后熟。切勿曝晒，否则种子一经干燥，就会丧失发芽能力，摊放蓇葖果的地方不宜过分干燥或潮湿。太干燥，果壳内的一层汁液会很快变干，种子不能充分后熟，甚至引起脱水，种子干瘪；过于潮湿，会造成发热或霉烂。应每隔1－2天翻动一次，以防内部发热霉烂。经过10－15天，果荚逐渐变为褐色或黑色，大多数果荚自行开裂，爆出种子，少数可人工剥除，然后将果荚去除，拣出种子。
为消除干瘪种子对发芽率的影响，可将拣出的种子放入清水中，浸泡1－2个小时后，去掉浮在水面上的杂物和干瘪种子，取水中下沉的饱满种子用以播种。
牡丹种皮的透水和透气性是影响种子萌发的重要因素，播种前可用50℃温水浸种24－48小时，或用95%酒精浸泡30分钟，或用浓硫酸浸泡2－3分钟，均可软化种皮，促进萌发。但是，浸种后必须用清水冲洗干净。
牡丹的种子具有上胚轴休眠的特性，秋季仅下胚轴向下生长，胚根突破种皮，形成幼根，至来年春季始发芽。100－300mg/L赤霉素(GA-3)直接处理牡丹种子72小时，可以促进胚根生长，而对解除上胚轴(胚芽)休眠无效。只有当胚根长度大于3cm时，用100mg/LGA3处理24小时，才可以有效打破上胚轴休眠，使种子从生根生长转入萌芽生长。
3、播种时间和方法
牡丹播种时间一般在8月下旬(处暑)至9月上旬(白露)之间进行，过早或过迟都会影响种子的萌发率。（牡丹种子萌发对季节的这种依赖性有可能是其对最适温度的反映，芍药属一些植物种子在
15℃时萌发最理想，这一温度非常接近牡丹种子在9－10月胚根显露时的温度。另外，“凤丹”种子的离体胚接种在无菌培养基里，在5℃条件下没有生长反应，10℃生长缓慢，15℃生长快，但在20℃下趋向愈伤组织生长。）如因其它原因，不能马上播种时，应将种子与细沙拌匀堆在室内或置入瓦盆内沙藏，沙藏过程中要注意保持湿润，沙藏时间不宜超过15－20天，在种子生根时必须下地。播种地应选用砂质壤土，施足底肥，一般每666.7m2施腐熟饼肥100－200kg，同时，每666.7m2应撒施15－20kg呋喃丹或辛硫磷及2－5kg福美砷或多福。
如果土壤墒情适中，可深翻整平；如地干无雨，应先放水浇透待墒情适宜时再深翻整平。
牡丹播种一般采用小高畦，畦高8－10cm，畦宽50－60cm，畦间距30－50cm
，畦沟深15－20cm，播种方法因种子量的多少而异，种子充足时可以撒播，株距应大于3cm，不宜过密，每666.7m2撒播50kg左右；种子量少时可以点播，一般行距6－10cm，株距5－8cm，最外边的一般距畦边10cm，点播用种量一般每666.7m2为25 －35kg。如果是以培育新品种为目的，则应点播，行距可20－30cm，株距可10－15cm。
播种后，用墒情适中的细土覆盖畦面2－3cm厚，然后再盖上地膜，以防旱保墒及提高地温。
4、播种后的管理
牡丹播种后一般35－40天开始生根，到来年春分前后开始发芽，此时地温大约4－5℃，清明前后长出地面，5月上旬苗高3－5cm，着生3片小叶，进入幼苗期。
冬至(12月下旬)前后地面开始封冻时，在播种畦的地膜上应该再覆盖一层稻草或玉米秸，保护越冬。如果地干，可在畦沟内放水渗浇一次“过冬水”，切忌大水浸过畦面，造成土壤板结。
翌年2月下旬(雨水)到3月中旬(春分)期间，地面解冻后，应立即撤除过冬覆盖物，以利种子萌发出土。如果冬季雨雪过少，在种子萌发出土前还可再浇一次“催芽水”。
幼苗期容易受到地下害虫的危害，可用甲基异柳磷、呋喃丹、1605、辛硫磷等喷施或拌毒饵诱杀。喷施时，可与甲基立枯磷混合喷，可同时防治幼苗猝倒病。
5月底6月初如连续干旱，可再浇水一二次。每次浇水或降雨之后，应及时进行松土、除草、保墒。
5月中旬以后幼苗叶片容易出现叶斑病，此时可用绿亨一号、多福、多菌灵等喷施防治，同时可与叶面肥混合喷施，以达到防病壮株的目的。每隔15－20天喷施一次，连续喷至9月。
如果是为了生产药用牡丹，幼苗生长1－2年即可移栽，株行距为40×60cm，每穴定植1－2株，每666.7m2定植2500株。
如果是为了培养嫁接用的砧木，幼苗可在原地连续培养2－3年，最好是3年，85%以上的幼苗都可用作砧木；也可以将1年生幼苗起出后按株行距20×50cm重新定植，再培养2-3年后用于嫁接，这样比在原地连续生长2-3年的苗木的根系庞大，贮存的营养物质丰富，能显著提高嫁接成活率及增强嫁接苗的生长势。
如果是为了选育新品种，点播时应适当加大株行距，可在原地连续生长3-5年，目的是让其尽早开花，便于选择，以缩短整个育种周期。
幼苗移栽时间，以9月上旬(白露)至9月下旬(秋分)为宜。起苗时，从畦一头挖40－60cm深的沟，用铁锨或钗垂直入土，用力将土和苗一起翻入沟中，将苗拣出。
根据株行距及牡丹苗的大小挖穴，栽植时将苗垂直放入穴内，一手拿苗，一手向穴内填土，当土填到2/3穴时，用手将苗轻轻往上提一提，使根顺直，并使顶芽高出地面1-2cm，然后用木棒或手将苗周围的土捣实，边捣边填土，直至穴满。为防旱保温越冬，芽子四周用细土封成小土堆状，一般高于芽5cm左右，翌年3月上旬(惊蛰)前后，待土地解冻时，应将牡丹之上的土逐渐去除，以利幼芽生长出土。
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